Der Stiftungsvorstand besteht aus dem Generalvikar der Diözese Eichstätt und bis zu vier weiteren Mitgliedern, die vom Bischof von Eichstätt frei ernannt werden. Die Amtszeit des Stiftungsvorstands beträgt vier Jahre. Wiederernennung ist möglich.
Bischof Gregor Maria Hanke hat mit Wirkung vom 1. März 2014 in den Vorstand der St. Willibald-Stiftung berufen: Vorsitzender des Vorstands Generalvikar Pater Michael Huber (01.09.2019), stellv. Vorsitzende des Stiftungsvorstands Rita Böhm, Kinding, Johannes Börner, Ingolstadt, Dr. Josef Schmidramsl, Eichstätt, und Helmut Jawurek, Neumarkt.