Der Stiftungsvorstand besteht aus dem Generalvikar der Diözese Eichstätt und bis zu vier weiteren Mitgliedern, die vom Bischof von Eichstätt frei ernannt werden. Die Amtszeit des Stiftungsvorstands beträgt vier Jahre. Wiederernennung ist möglich.
Bischof Gregor Maria Hanke hat in den Vorstand der St. Willibald-Stiftung berufen: Vorsitzender des Vorstands Generalvikar Michael Alberter, stellv. Vorsitzende des Stiftungsvorstands Rita Böhm, Kinding, Johannes Börner, Ingolstadt, Dr. Josef Schmidramsl, Eichstätt, und Helmut Jawurek, Neumarkt.